mi sembra strano che dia un'avviso di questo tipo
comunque non devi fare assolutamente nulla, in quanto la patch non va a modificare e tantomeno a sostituire il file di configurazione
parte amministrativa --- > configurazione controlla se tutto è giusto e salva
prima di fare questa operazione, per sicurezza fai una copia del file originale di configurazione presente sul server
il file di configurazione presente nella versione completa sarà sempre vuoto. Sarà scritto con i paramteri inseriti a installazione completata.
puoi eventualemente fare una installazione in locale e poi sostituire i valori di alcune variabili con quelle del tuo server (inidirizzo, percorso folder, ip collegamenti database e il valore contenuto nella variabile che definisce la parola segreta per la crittografia delle password), e poi caricarlo via ftp sul server
prima di caricare sul server il file di configurazione, come sempre fare una copia originale di quello presente sul server.
